Եկմալյան ծնվել է Վաղարշապատում, Ալաշկերտի շրջանի Եկմալ գյուղից գաղթած ընտանիքում: Կրթությունն ստացել է ծննդավայրի ծխական դպրոցում, ապա Էջմիածնի Ժառանգավորաց վարաժարանում` աշակերտելով Նիկողայոս Թաշճյանին: 1872-ին ավարտել է Ժառանգավորաց վարժարանը: 1874-ին նշանակվել է Գեւորգյան վարժարանի հայկական ձայնագրության ուսուցիչ, 1878-ին ուղարկվել է Պետերբուրգ` տեղի կոնսերվատորիայում կատարելագործելու մասնագիտությունը: Պետերբուրգի կոնսերվատորիայում Մակար Եկմալյանը աշակերտել է պրոֆեսորներ Լյադովին, Ռիմսկի Կորսակովին եւ Սակետտիին: 1891-ին նշանակվել է Թիֆլիսի Ներսիսյան դպրոցի երաժշտության դասատու եւ երգչախմբի ղեկավար: Այդ երգչախումբն է, որ առաջին անգամ կատարել է հատվածներ նրա մշակած պատարագից, հռչակել անունը:
1896-ին լույս է ընծայել «Երգեցողություն սրբո պատարագի» պարտիտուրան: Խոշոր դեր է կատարել ժողովրդական երգերի կատարման եւ մշակման գործում: Մշակել է մի քանի տասնյակ ազգային եւ ժողովրդական երգեր` «Ազնիվ ընկեր, մեռնում եմ», «Տե'ր, կեցցո դու զհայս», «Ո'չ փող զարկինք, ո'չ արձագանք», «Կապույտ երկնքում աստղեր են փայլում» եւ այլն, որոնք լայն տարածում են գտել: Նրա վոկալ եւ գործիքային ստեղծագործություններից մի քանիսը, այդ թվում «Ռոզայի թափառումները» կանտատը, որը գրել է Պետերբուրգի կոնսերվատորիայի ավարտման առթիվ, մնացել են ձեռագիր եւ կորել են: